Windows ME er en opgradering til Windows 9x, og hovedparten af ​​software til Windows 95 og Windows 98 fungerer sammen med Windows ME. Vi siger 'flertal', fordi software som et antivirusprogram eller et andet værktøj designet til Windows 9x ikke virker (eller fungerer godt) i Windows ME. Filstrukturen og konfigurationsfilerne ændres lidt i Windows ME. Men spil, programmer og anden software vil fungere i Windows ME. Hvis softwaren ikke virker, skal den have en opdatering, så den kan fungere.